Боузер-младший похищает принцессу Розалину и пытается вернуть отца, создав пушку, способную уничтожать вселенные. Марио, Луиджи и найденный ими дракон Йоши пытаются перевоспитать поверженного Боузера, но вскоре того освобождает сын. Водопроводчик объединяет силы со своими друзьями, чтобы помешать планам Боузера-младшего по достижению вселенского господства.